Krajowe Centrum Informatyki Kwantowej w Gdańsku (KCIK) zostało powołane przy Uniwersytecie Gdańskim 29 czerwca 2007 r. jako wspólna jednostka badawcza zrzeszająca osiem polskich uczelni i instytucji badawczych: Politechnikę Gdańskiej, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza, Uniwersytet Gdański, Uniwersytet Jagielloński, Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Uniwersytet Łódzki, Uniwersytet Wrocławski, Polską Akademię Nauk. 30 czerwca 2011 r. Decyzją Rektora UG, na podstawie Uchwały Rady Naukowej KCIK z dnia 14 maja 2011 r., Centrum Fizyki Teoretycznej PAN zostało włączone do grona jednostek naukowych tworzących KCIK.

W okresie 2011-2022 Krajowe Centrum Informatyki Kwantowej powiększyło się o cztery nowe instytucje naukowe, które przystąpiły do struktury naukowej KCIK na podstawie zarządzenia Rektora UG, poprzedzonego wnioskiem Rady Naukowej KCIK:

– 30 Czerwca 2011 r. – Centrum Fizyki Teoretycznej PAN; oraz

– 3 października 2022 r. – Uniwersytet Warszawski, Politechnika Wrocławska i Instytut Informatyki Teoretycznej i Stosowanej PAN.

Inicjatorem powstania KCIK był prof. Marek Kuś, CFT PAN, który był także pierwszym, długoletnim przewodniczącym Rady Naukowej KCIK w latach 2007-2019. Głównym organizatorem KCIK i pierwszym, długoletnim dyrektorem (2007-2019) był prof. Ryszard Horodecki, współtwórca informatyki kwantowej, zdobywca prestiżowego grantu unijnego European Research Council – ERC Advanced Grand (2012-2016). Wraz z prof. Markiem Żukowskim i prof. Robertem Alickim oraz synami – Pawłem Horodeckim i Michałem Horodeckim – stworzył w Gdańsku silny zespół badawczy informatyki kwantowej, który stał się rozpoznawalnym w świecie ośrodkiem badań w tej dziedzinie. W listopadzie 2019 r Rada Naukowa KCIK wybrała Prof. dr hab. Karola Życzkowskiego z Uniwersytetu Jagiellońskiego na nowego Dyrektora KCIK na 4-letnią kadencję (2019-2023) i prof. Wiesława Laskowskiego, Prorektora ds. Badań Naukowych Uniwersytetu Gdańskiego na przewodniczącego Rady Naukowej KCIK na tę samą kadencję (2019-2023).